La ciudad se fundó a principios del siglo XX, con la llegada del Ferrocarril General Manuel Belgrano.
Antes de la Privatización ferroviaria en Argentina de la década del 90, General Güemes fue pionera en ferrocarriles en Salta y, segunda en el Noroeste Argentino después de los Talleres Ferroviarios de Tafi Viejo en Tucuman. A partir de 1993, la privatización de esta, dejo desempleada a mas de 5.000 obreros, cientos de vagones de cargas y pasajeros y locomotoras únicas en America Latina pertenecientes a la estatal Ferrocarriles Argentinos herrumbradas, radiadas y tiradas sin que los pocos obreros que quedaron con trabajo pudieran hacer algo para repararlas.
