La etnia más conspicua que habitó el territorio donde se emplaza Chicoana fue la de los paziocas, asociados a la Cultura Santa María, pueblos sedentarios con estado, agricultura, ganadería de auquénidos y ciudades, entre sus ciudades se contaba precisamente Chicoana.
Durante el siglo XIII el territorio fue invadido por los quechuas al mando de Túpac Yupanqui quedando incorporado al Tahuantinsuyu (Imperio Inca), en esa época Chicoana, con el nombre de Sikuani, pasó a ser la capital de la "provincia" del Tukma o Tukuman y un nudo de caminos recorrido por el kapak ñan o "Camino del Inca" (luego el Camino Real español).
En 1534 y 1535 arribaron los primeros europeos con las expediciones de los conquistadores españoles Diego de Almagro y Diego de Rojas, el segundo tuvo una de sus principales bases en esta ciudad y luego avanzó hacia el sur en busca de la Ciudad de los Césares.
Sin embargo el territorio no fue plenamente controlado y colonizado por los españoles sino hasta la conclusión de las Guerras Calchaquíes las cuales significaron un secular empeño bélico, concluidas en el siglo XVII tras la debelación de las últimas resistencias de la parcialidad pazioca llamada calchaquí.
En el siglo XVIII Chicoana, como todo el NOA pasó a formar parte del Virreinato del Río de la Plata, tras 1810 el territorio adhirió prontamente a la Revolución de Mayo pero solo se consolidó la emancipación respecto de España tras las victoria de Manuel Belgrano en la Batalla de Salta (1813) y los éxitos de la Guerra Gaucha liderada por Martín Miguel de Güemes.
