Como todo el territorio catamarqueño, este departamento ostenta siglos de nutrida ocupación aborigen, que a la llegada de los españoles se concentraban en las tribus calchaquíes como parcialidad de los andalagalas, de allí el topónimo del departamento. Durante el Gran Alzamiento Calchaquí que destruyera tres veces a Londres, se levanta la figura de don Juan Chelemín, bravo cacique de Andalgalá.
Sometidos los aborígenes, en 1.658 el Gral. Don Francisco de Nieva y Castilla, fundó el fuerte de San Pedro de Mercado del Valle de los Andalgalas, donde hoy se encuentra la ciudad cabecera, en honor al gobernador del Tucumán don Alonso y Villacorta. De allí deriva el nombre de “El Fuerte de Andalgalá”.
Durante el siglo XIX el departamento cobra gran relevancia por sus riquezas minerales. En 1.870
